症狀出現在 被感染昆蟲叮咬後 10 天和 15 天. 某些類型的瘧原蟲（間日瘧原蟲 et 卵形瘧原蟲) 可能會在第一個跡像出現之前數週甚至數月內在肝臟中保持不活動狀態。

瘧疾的特點是反復發作，包括三個階段：

• 發冷；
• 頭痛；
• 疲勞和肌肉疼痛；
• 噁心和嘔吐;
• 腹瀉（偶爾）。

一兩個小時後：

• 高燒；
• 皮膚變得又熱又乾。

然後體溫下降：

• 大量出汗；
• 疲勞和虛弱；
• 受影響的人睡著了。

即使患者已離開感染區域，間日瘧和卵形瘧原蟲瘧疾感染也可能在首次感染後數週甚至數月復發。 這些新的發作是由於“休眠”的肝臟形式。