真菌感染通常源於體內自然存在的微生物的簡單不平衡。

事實上，它被大量不同的真菌和細菌定植，大多數時候是無害的，甚至對身體的正常運作至關重要。

然而，這些真菌中的一些可能會增殖並變得致病，或者“外部”真菌（例如由動物傳播）引起感染。 總共有 200-400 種真菌可以導致人類疾病⁵.

然而，環境中存在的真菌也會污染人類，例如：

• 通過接種，例如在受傷期間（導致孢子絲菌病或染色體病等）；
• 通過吸入黴菌（組織胞漿菌病、曲霉病等）；
• 接觸感染者（念珠菌病、癬等）；
• 通過接觸受感染的動物。